連云港市疾病預防控制中心是在撤消連云港市衛生防疫站、連云港市皮膚病防治所、連云港市健康教育所等 3個財政撥款事業單位的基礎上進行優化組合，重新組建而成，并于2002年4月28日正式掛牌，同時保留了“健康教育所”、“結核病防治所”、“放射衛生防護所”和“皮膚病防治所”四塊牌子。
