中國科學院南京土壤研究所（Institute of Soil Science，Chinese Academy of Sciences）成立于1953年，前身可追溯至1930年7月成立的農礦部地質調查所土壤研究室；1953年1月，中國科學院南京土壤研究所正式成立；2001年3月，成為中國科學院知識創新工程試點行列的研究所之一。
