中國疾病預防控制中心性病艾滋病預防控制中心的前身為“衛生部艾滋病預防控制中心”，隸屬于中國預防醫學科學院，成立于1998年7月，是經國務院批準的艾滋病預防控制專業機構。2002年1月23日中國預防醫學科學院更名為中國疾病預防控制中心，衛生部艾滋病預防與控制中心更名為“中國疾病預防控制中心性病艾滋病預防控制中心”，簡稱“艾防中心”，為中國疾病預防控制中心下屬的一個二級單位。
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