黃埔出入境檢驗檢疫局是國家設在黃埔口岸的出入境檢驗檢疫分支機構，是行使《中華人民共和國進出口商品檢驗法》、《中華人民共和國進出境動植物檢疫法》、《中華人民共和國國境衛生檢疫法》和《中華人民共和國食品衛生法》等法律法規賦予的職責。
北侖出入境檢驗檢疫局綜合測試實驗室
南平出入境檢驗檢疫局籌建于1999年8月，2000年9月正式成立對外辦公。內設辦公室、綜合業務科、動植食科、衛鑒科和福建國際旅行保健中心南平分中心。
四川出入境檢驗檢疫局檢驗檢疫技術中心機場實驗室
東興出入境檢驗檢疫局檢驗檢疫綜合實驗室
義烏出入境檢驗檢疫局前身為義烏進出口商品檢驗局，建于1995年。1999年，根據國務院機構改革方案，原國家進出口商品檢驗局、國家動植物檢疫局、國家衛生檢疫局“三檢”職能合一，組建新的出入境檢驗檢疫局。
